Sans doute déçu d'avoir été devancé en première séance par ses équipiers, Allan McNish a attaqué avec le "gros coeur" qu'on lui connaît. Peu après 20 heures, il battait le meilleur temps de Capello en 3'36"818. Dix minutes plus tard, Tom Kristensen plaçait la N°8 en pole position avec un 3'36"650... que McNish égalait peu après !. Pour accéder au premier rang, l'Ecossais était donc condamné à faire encore mieux. Après un freinage raté à Arnage, McNish repartait à l'assaut et à 20h48, il obtenait la pole position définitive en 3'36"124. Un temps légèrement inférieur à celui annoncé par Audi le 30 avril dernier mais qui reste loin des 3'31" pronostiqués par le pilote Ecossais : "Je ne sais pas pourquoi nous n'avons pas fait mieux, reconnaît McNish. Le circuit était meilleur qu'hier mais il manque encore d'adhérence. La Chicane Ford est plus serrée qu'en avril, ce qui fait perdre une seconde. Nous avons changé les réglages de suspension depuis mercredi et maintenant, nous avons un meilleur feeling. Je suis très content de la voiture que nous aurons pour la course". Les trois Audi ont amélioré, contrairement aux Panoz, sur lesquelles on s'est concentré sur l'amélioration des réglages. Il semble que cette fois, le survirage ait pu être corrigé et les pilotes se déclarent satisfaits. Seule inquiétude : un moteur cassé sur la N° 23 du team TV Asahi.
Les voitures à moteur Judd ont confirmé leur potentiel, la meilleure d'entre elles étant la Lola du team Rafanelli, pilotée par Schiattarella. Sur la Courage C60, Philippe Gache était le dernier à franchir la barre des 3'40", se qualifiant en troisième ligne. Stefan Johansson n'était pas en reste au volant de sa Reynard : auteur du 7ème temps, il avait la satisfaction de voir son équipier Guy Smith décoré du titre de meilleur "rookie".
Les Cadillac d'usine ont progressé mais ont aussi connu pas mal d'ennuis, notamment celle du team Dams. Si la N° 3 d'Eric Bernard signait le 9ème temps absolu en se rapprochant des Audi, elle était ensuite victime d'un début d'incendie sur le circuit, alors que Montagny était au volant. Quant à la N° 4, elle s'est arrêtée deux fois sur le circuit aux mains de Kristian Kolby. Une première fois en raison d'un problème électronique, la seconde fois suite à un problème indéterminé à l'avant-droit provoquant une sortie dans le bac à Mulsanne.
Chez Oreca, on a changé la boîte de vitesses sur les deux voitures en raison d'un problème de sélection mais le directeur sportif Pierre Dieudonné se montre raisonnablement optimiste : "Nos progrès sont encourageants et si on arrive à surmonter les difficultés que nous ne manquerons pas d'avoir en course, on sera très contents. Notre objectif est de durer le plus longtemps possible, nous n'avons pas encore le niveau de performance pour attaquer".
 
 

Imaginées par l'ACO afin d'offrir une alternative moins coûteuse aux artisans ou aux constructeurs souhaitant "se tester" au Mans, les LM P675 ont aussi démontré qu'elles avaient un remarquable niveau de performance. La meilleure des Reynard-VW, aux mains de Boullion ne concède en effet que 10" à la meilleure Audi : "Si nous étions au poids minimum, on pourrait être dans le top 10" estime Fred Stalder, le patron de ROC. Seule inquiétude sérieuse pour l'équipe française, David Terrien a été victime d'un roulement de roue défectueux, se faisant une "belle chaleur" au freinage. Chez WR, le sentiment est partagé, comme l'explique Gérard Welter : "on espérait être plus performants mais l'essentiel est de pouvoir se présenter au départ avec deux voitures qui ne posent pas de problème particulier". La Debora a considérablement amélioré et devance maintenant toutes les LM-GT.
 

Le duel Viper-Corvette tient déjà toutes ses promesses. Chez Oreca, on n'a pas cherché à améliorer les temps de mercredi mais Wendlinger s'est tout de même accroché avec une Porsche au Virage Porsche, ce qui a provoqué quelques dégâts à la carrosserie et à la suspension : sans gravité puisque la N°51 a repris la piste. Les Corvette en ont profité pour améliorer, se plaçant dans le sillage de la meilleure Viper. Les Chrysler privées ont connu divers problèmes : alternateur pour la Carsport, embrayage pour la Goh, manque de tenue de route pour la PBR. Malgré une crevaison, la Porsche du team Freisinger est parvenue à s'immiscer parmi les Viper.